剑桥大学成立于公元1209年，最早是由一批为躲避殴斗而从牛津大学（University of Oxford）逃离出来的老师建立的。
据立思辰留学介绍，12世纪，方济会修士、本笃会修士和圣衣会修士，来到这片平坦、潮湿的沼泽区定居，剑桥郡由此诞生。
1209年，牛津大学的两名经院派哲学家被控谋杀了一名妓女，牛津郡法庭将他们判处绞刑。为了表示抗议，牛津教师们有一段时间停止授课，纷纷离去，其中一部分人来到了剑桥郡，创建了剑桥大学。
1225年左右，剑桥的教师们就从他们当中选出了一位校长，他的权力得到了亨利三世国王的批准，大学的自主管理就由此而来。不久之后，1233年，格雷戈尔九世教皇也批准了，这种教会特权牛津直到1254年才享受到，亨利三世及其继承人的法令确保了这两所大学的垄断地位。一直到19世纪，整整六百年，牛津和剑桥都是英国仅有的大学。欧洲其它地方没有哪里有这种垄断的。跟牛津一样，剑桥的这所大学一开始也没有自己的房子。他们在租来的房子里讲课和生活，哪里有地方就在哪里。大学生们从一开始就住在旅舍里，由店主负责监督。
1231年，亨利三世国王在授予剑桥教学垄断权。
1280年，在这种私人旅舍被有着自己的校舍和捐款的学院取代之前，全城已经有34家这种大学生公寓了，捐款能保证学院的持久性和独立性。
1284年，艾利修道院的休·德·巴尔夏姆主教创办了剑桥的所学院——彼得豪斯学院。直到学院有章程前它依照的都是牛津的早它20年的主教学院——墨顿学院的模式。剑桥毕业生从前就有最理想的就业机会，尤其是在1347~1348年的那场夺走了英国近三分之一人口的瘟疫之后，对受过良好教育的牧师、管理人员、法学家、医生的需求增加了。
1370年前后剑桥共有八所学院，大约20多家旅舍。整个大学有将近700人。剑桥早期的学院创建人绝对不只是教会人员。也包括国王和他们的女人，像伊丽莎白·德·克莱尔和彭布罗克伯爵夫人这样的上层贵族的太太，国家官员、商人、主教相当少。基督圣体学院的监护人最为特殊，它是剑桥（和牛津）唯一一座由城市的两个行会共同创办的学院，这期间大学建起了它的幢自己的大楼，有课堂、会议室、图书馆和管理大楼的老学堂（1350年－1475年）。别的学院都围绕着这些学院核心：克莱尔学院、三一学堂、冈维尔学堂。
1500年前后，剑桥有十几所学院，大多数位于高街和剑河之间，南起已经位于城墙外的特兰平顿门旁的彼得豪斯学院，北至后来的三一学院和圣约翰学院的所在地。当人文主义思想也随着印刷术传播开来。欧洲这场古典精神的伟大复兴运动最杰出的代表是来自鹿特丹的伊拉斯谟。
从1511年到1514年他住在女王学院，教授神学和希腊语，写作，翻译，出书，通信，有着无人能及的旺盛精力和优雅文风。伊拉斯谟对于剑桥不仅仅是一名布道者。原始资料研究取代了中世纪的经院哲学。重心从神学转到了雄辩术，从培养牧师转到了培养有学问的国家栋梁。从此以后，古代语言和文学在英国大学的教学课程里长期占有重要地位。剑桥人文主义者对希腊语和希伯莱语的兴趣带来了圣经和古代宗教著作的校勘版本。这里也是改革的温床。将伊拉谟斯召来剑桥的那人是他的朋友约翰·费希尔，他在这一发展中起了关键作用。人道主义的教学计划，使得使剑桥大学在几年内上升为一所欧洲级别的大学，首先是和牛津处于同等水平。尽管亨利希八世本人从来没有对剑桥产生过特别的兴趣，却向大学捐赠了五个王家教授席位，这属于时代和它的火焰式国王的自相矛盾。在这个突破的时代，王室需要牛津和剑桥充当可靠的管理人、法学家和牧师的储备室，充当政府的学院支柱。因此，亨利希八世本人最终于1546年创办了一所学院，将两座较老的学院合并成一座规模更大、超过了迄今所有学院的新学院——三一学院，这不仅仅是贵族自由的标志。至今它仍是剑桥唯一的一所不由院士选举、而由王室根据首相的提议任命院长的学院。
1614年詹姆斯一世留宿三一学院时，整个学院里禁止吸烟，因为众所周知，这位国王厌恶吸烟。为了供他消遣，教师们安排了一场哲学戏，一场有关“狗们是否进行三段论”问题的辩论表演。最后得出结论，狗不能思维。那位君主听后说，他的狗是例外。教师们钻牛角尖地高声附和。毫无疑问，剑桥是一个精神活跃的地方，充满神学和政治的辩论，获益匪浅的不光是年轻的弥尔顿。在悉尼·苏塞克斯学院，学生奥利弗·克伦威尔接触到了加尔文教的思想，1640年他以一票的优势代表剑桥被选进了议会――“那唯一的一票既毁了教会也毁了王国。”圣约翰学院的院士、诗人约翰·克利夫兰议论道。
1643年克伦威尔返回来，将学院变成了军营，将剑桥变成了东英吉利议会运动的司令部。大多数院长丢掉了他们的官职，有一半院士，共200多人，被解雇了。在君主制复辟之后，统一行为又恢复了英国的旧规定。王室的宠儿被指派来担任大学校长。在此期间，能够以笛卡尔的坚定不移进行研究和教学的不光是剑桥的柏拉图主义者们，一个自由宗教哲学组织：“道理是主的烛光。”信仰寻找理性的理由，理性发现了一种新的宗教——自然科学。伦敦皇家俱乐部（1660年）成立后设立了数学、化学和天文学的教授席位，艾萨克·牛顿这颗明星在剑桥上空闪耀。
18世纪，王室和议会进一步听任大学自主管理。教师和学生们干他们最想干的事：学习、享乐。1800年左右，剑桥（和牛津）的名声受到损害。另外两所大学超过了它们，尤其是在自然科学方面：苏格兰的爱丁堡大学和德国的哥廷根大学，那是乔治二世创办的大学，不久就成了汉诺威人最著名的大学。另外，在英格兰也首次出现了竞争对手，德勒姆大学（1832年）和伦敦大学（1836年），“牛剑”失去了它的垄断地位。同时大学生的人数却在上升。发达起来的资产阶级的中等阶层需要新的培养场所。在维多利亚王朝这一越来越工业化和商业化的社会里，剑桥也感觉到必须帮忙，应该改革了。一位科堡-高塔王子、维多利亚女王的丈夫阿尔伯特推动了这次改革。
1847年，剑桥大学以微弱的多数将这位不受欢迎的德国人选为校长。1871年，又一项法律结束了对不信奉英国国教者的歧视。1861年，人们注意到了位已婚教师，这显示剑桥大学在渐渐地脱离中世纪。1860年前这所大学正式取消了禁止院士结婚的规定。由于各学院有权自主决定此事，直到1880年之后，院士们的结婚愿望才取得了成功。这给剑桥带来了一场建筑和婴儿的小小兴旺。
1870年，当时的大学校长，威廉·卡文迪什，德文郡的第七代公爵，资助了一个实验物理学教授席位和一所实验室，两者都是以他的一位祖先、物理学家亨利·卡文迪什的姓氏命名的。那是自然科学辉煌发展的开始。19世纪剑桥人口增加了四倍，居民人数将近五万。永远年轻、迷人的鲁珀特·布鲁克的精神，美人和智者围聚在他周围，一个撑船比赛、五朔节集会和布鲁莱利口酒的世界。两场大战之间的剑桥是一个快乐优雅和知识论争的地方，代表人物有伯特兰·罗素、梅纳德·凯恩斯、路德维希·维特根斯坦。哲学、经济和自然科学发达，学生戏剧和道德科学俱乐部赫勒蒂克斯或所有俱乐部中最高档的使徒俱乐部等辩论协会也很兴旺。希特勒的上台让这些争论变成了血淋淋的现实。弗吉尼亚·沃尔夫的侄子朱利安·贝尔及其朋友约翰·康福德就属于在西班牙内战中阵亡的年轻的剑桥志愿者，书包里装着《资本论》。
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