西安医科大学原名西安医学院，其前身是北平大学医学院。清末，在北京建立了京师医学专门学校，后更名为京师医科大学。民国十七年（1928）北平大学建立，京师医科大学并入该校，称北平大学医学院。1937年抗日战争爆发，北平大学医学院的部分师生相继迁到西安，成立了西安临时大学医学院。翌年迁到汉中，当年西安临时大学改名为西北联合大学，西安临时大学医学院便更名为西北联合大学医学院。民国二十八年（1939），西北联合大学医学院独立建校，更名为国立西北医学院。民国三十四年（1945）八月，西北医学院并入国立西北大学，改名为国立西北大学医学院，由汉中迁回西安办学。1949年5月，西安解放，西安市军管会接管了西北大学医学院。当年9月，陕西省立医学专科学校并入西北大学医学院。1950年，西北大学医学院独立设置，改名为国立西北医学院，又改名为西北医学院。1955年，学院由城内迁至西安南郊朱雀路，同年改名为西安医学院。1958年，该院从人力、财力等方面援建了青海医学院、宁夏医学院、西安第二医学院、延安大学医疗系、汉中大学医疗系。“文化大革命”期间，学院受到严重破坏，停止招生达四年之久。粉碎“江青反革命集团”以后，特别是中共十一届三中全会以后，学校得到迅速恢复和发展。1985年6月改名为西安医科大学。 西安医科大学的校址在西安南郊朱雀路205号，1990年学校占地面积440亩，校舍建筑总面积11.33万平方米。馆藏图书50万册。附设三个教学医院。1990年设临床医学、药学、口腔医学、预防医学、法医学、护理学、妇幼卫生、英语等专业。硕士授予权的学科、专业有：人体解剖学、组织胚胎学、内科学（血液、心血管、克山病）等36个。有博士授予权学科、专业3个，即生理学、外科学（普外）、人体解剖学。当年有在校研究生257人，在校本专科学生4261人。学制，本科五年。 1989年学校设有地方性骨病研究所、克山病研究室、计划生育研究室、生理研究室、医学电子工程研究室、社会医学与卫生事业管理研究所、心血管病研究所、皮肤性病研究所、医用超声研究室、眼病研究室、肝胆外科研究室、颌面成型外科研究室等36个研究所（室）。编辑出版的刊物有《西安医科大学学报》、《中国社会医学杂志》、《中国医学文摘皮肤科学分册》、《国外医学地理分册》、《中国医学伦理学杂志》、《西北医学教育杂志》、《中国皮肤性病学杂志》等。该院十分重视科学研究工作，新中国成立后至1989年，获国际奖1项，国家级奖14项、部级奖41项、省级成果奖266项。其中永寿大骨节病科学考察成果获卫生部甲级奖和全国科学大会奖；口服亚硒酸钠预防克山病获得卫生部甲级成果奖、全国科学大会奖和国际生物无机化学家协会施瓦茨奖，被国家确定为新中国成立以来20项重大医药科研成果之一。学校教师发表科研论文7747篇。该院积极开展了国际学术交流，与国外10多所医药院校建立了校际合作关系，派出354名教师出国考察、学习、讲学、进行科学研究，邀请了850多名外国学者来校讲学。 该校十分重视教师队伍的建设，截至1990年，全校共有教职工2206人，其中专任教师1083人，在专任教师中有教授70人，副教授248人、讲师462人、助教303人。在医学基础学科和临床医学方面比较突出的学者有：生理学侯宗濂、梅俊，微生物学方亮，组织胚胎学张宝贞，解剖学凌凤东，法医学胡炳蔚，耳鼻咽喉学张乃华，妇产科学叶瑞禾、王秉正，放射科学钱致中，胸外科学陈向志，心血管病学杨鼎熙，普通外科学刘绍诰，克山病学王世臣、徐光禄。 该校1950年独立设置后隶属西北军政委员会卫生部领导，1953年隶属中央卫生部领导，1958年改隶陕西省领导，1978年又改隶卫生部领导。学校的领导体制，1950—1957年实行院长负责制，1958—1961年实行党委领导下的以院长为首的校务委员会负责制，在新的历史时期实行党委领导下的校长负责制。历任党委书记有：魏明中（1954年8月至1963年4月）、王维祺（1963年4月至1966年）、郎冲（1973—1979年）、辛义恒（1984年2月至1987年）、卢希谦（1987年1月至1989年8月）、陈君长（1987年至1990年9月为常务副书记）、陈君长（1990年10月— ）。历任院（校）长有侯宗濂（1950—1966年）、侯宗濂（1978年12月至1980年10月）、王光清（1980年10月至1986年5月）、任惠民（1986年5月— ）。该院校行政组织机构，1950—1957年设置院长办公室、教务处、总务处、人事处；1958—1966年设置院长办公室、医教办公室、总务处、人事处；“文化大革命”期间设置院办事组、医教组、政工组、后勤组；中共十一届三中全会后设置校长办公室、教务处、科研处、人事处、国际交流处、保卫处、学生工作处、基建处、总务处、计财处、设备处、审计处等。
西安交通大学医学部（原西安医科大学）前身是国立北京医学专门学校，成立于1912年10月26日，这是中国政府举办的第一所国立西医学校；
1950年改称为西北医学院；1956年改称西安医学院；1985年更名为西安医科大学，成为原卫生部直属重点院校；2000年4月，西安医科大学与西安交通大学、陕西财经学院三校合并，更名为西安交通大学医学院；2012年6月，根据教育部关于医学教育改革文件精神，组建西安交通大学医学部。
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