日本的大学分为国立、公立和私立三种。其中国立大学总数为86所，基本上都是一流大学。国立大学由日本政府设立，学费较私立更低廉，国立大学数量少等特点，考取难度较私立大学难度更大。
在日本大学排行榜中前10位中除庆应义塾大学外其余9所均为国立大学。
2012年TIMES世界排中，TOP200中有将近10所日本大学入选.日本国立大学都设有大学院(研究生院)，开设硕士、博士课程。就读日本国立大学大学院的学生持有留学签证，申请奖学金、享受医疗保险、就业、交通费折扣等方面拥有更多的机会和优惠。
在专业方面，日本国立大学的设置也比较齐全。其中，既有东京大学、京都大学、东北大学、大阪大学等知名度高的综合性大学，也有室兰工业大学、京都工艺纤维大学、爱知教育大学等侧重某些专业的大学，更有北陆先端科技术大学院大学、政策研究大学院大学、奈良先端科学技术大学院大学等综合排名不高，但是某些具体专门专业代表了教育最高水平的学校。
86所国立大学名单：
中文名称
北海道大学
北海道教育大学
室兰工业大学
小樽商科大学
带广畜产大学
旭川医科大学
北见工业大学
弘前大学
岩手大学
东北大学
宫城教育大学
秋田大学
山形大学
福岛大学
茨城大学
筑波大学
筑波技术大学
宇都宫大学
群马大学
埼玉大学
千叶大学
东京大学
东京医科齿科大学
东京外国语大学
东京学艺大学
东京农工大学
东京艺术大学
东京工业大学
东京海洋大学
御茶水女子大学
电气通信大学
一桥大学
横滨国立大学
新潟大学
长冈技术科学大学
上越教育大学
富山大学
金泽大学
福井大学
山梨大学
信州大学
岐阜大学
静冈大学
浜松医科大学
名古屋大学
爱知教育大学
名古屋工业大学
丰桥技术科学大学
三重大学
滋贺大学
滋贺医科大学
京都大学
京都教育大学
京都工艺纤维大学
大阪大学
大阪教育大学
兵库教育大学
神户大学
奈良教育大学
奈良女子大学
和歌山大学
鸟取大学
岛根大学
冈山大学
广岛大学
山口大学
德岛大学
鸣门教育大学
香川大学
爱媛大学
高知大学
福冈教育大学
九州大学
九州工业大学
佐贺大学
长崎大学
熊本大学
大分大学
宫崎大学
鹿儿岛大学
鹿屋体育大学
琉球大学
政策研究大学院大学
综合研究大学院大学
北陆先端科学技术大学院大学
奈良先端科学技术大学院大学
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