北京大学第一医院
北京大学第一临床医学院是北京大学第一医院(简称“北大医院”)，大型综合性三级甲等医院，是中央保健基地医院。
北京大学第二临床医学院是北京大学人民医院，经过一个世纪的发展现已成为集医疗、教学、科研为一体的现代化综合性三级甲等医院，西直门院区、白塔寺院区两个院区。
北京大学第三医院
北京大学第三临床医学院是北京大学第三医院（简称“北医三院”）建于1958年，国家卫生健康委委管医院，综合性三甲医院。北医三院脊柱外科是国内最强的学科，生殖医学中心的治疗方法最全面、规模是国际最大之一，中国大陆首例试管婴儿在此诞生。
北京积水潭医院
.北京大学第四临床医学院是北京积水潭医院。该医院是一家王府花园式医院。1956年1月28日，昔日的王府旧址，诞生了北京积水潭医院。以骨科和烧伤科为重点学科的三级甲等综合性医院。
北京医院
北京大学第五临床医学院是北京医院，该医院是一所以干部医疗保健为中心、老年医学研究为重点，向社会全面开放的医、教、研、防全面发展的现代化综合性医院，是直属国家卫生健康委员会的三级甲等医院，是中央重要的干部保健基地。
中日友好医院
中日友好医院（简称“中日医院”）是国家卫生健康委员会直属大型综合性三级甲等医院。同时也是北京大学中日友好临床医学院。于1984年10月23日开院。医院的内分泌科、呼吸与危重症医学科、风湿免疫科等科室及专业被评为国家临床重点专科建设项目。西区肛肠科是国家临床重点专科建设单位。
航天中心医院
航天中心医院建院于1958年，是一所集医疗、教学、科研、预防工作于一体的三级综合医院，同时也是北京大学航天临床医学院。位于北京市海淀区玉泉路15号。
北京大学国际医院
北京大学国际医院是北大医疗城的旗舰项目，也是北京大学第八临床医学。医院以"建设国际一流医院，领跑医疗体制改革"为使命，由北京大学和方正集团共同投资兴建，性质为非营利性综合医院。
北京大学第九临床医学院
北京世纪坛医院（北京铁路总医院），创建于1915年，1989年通过全国首批三级甲等医院评审，为北京市属综合医院，是首都医科大学附属医院、首都医科大学肿瘤医学院、北京大学第九临床医学院、北京市中西医结合肿瘤研究所及北京世纪坛医院医联体理事单位。
民航总医院
民航医学中心（民航总医院）始建于1982年，于2010年重新整合为民航医学中心，包括民航总医院、民用航空医学研究所、民用航空人员体检鉴定所和航空医学系培训部，是一所设备先进、科室齐全、服务优良、集医教研防于一体、具有航空医学特色的三级综合医院，也是全国民航唯一一所三级医院，一直承担着北京大学医学部临床医学专业本科生、研究生的教学和临床实习工作，故称为北京大学第民航临床医学院。
北京回龙观医院
北京回龙观医院是北京市卫生健康委、北京市医院管理局直属的精神卫生专科医疗机构。是北京大学回龙观临床医学院，北京心理危机研究与干预中心，世界卫生组织心理危机预防研究与培训合作中心；是首批国家精神病临床重点专科单位，首批国家级精神科住院医师规范化培训基地
西苑医院
中国中医科学院西苑医院（简称“西苑医院”）创建于1955年12月，是新中国成立后由中央人民政府建设的第一所大型中医医院，在国内国际具有较大影响力，集医疗、科研、教学、保健为一体的三级甲等综合性中医医院。担负北京大学医学院教学任务——北京大学中医药临床医学院（西苑）。医院地址：北京市海淀区西苑操场1号。
中国人民解放军总医院第五医学中心由原第三〇二医院和原第三〇七医院于2018年11月合并组建，其前身为抗日战争时期的延安中央医院。中心现有两个院区。担负北京大学医学院教学任务——北京大学三〇二临床医学院
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