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“南通大学，三院鼎立，钟灵毓秀根脉弘。真才造就，实学研攻，往绩可述，来绩无穷……”这时当年私立南通大学（南通学院）的校歌。
何为“南通大学，三院鼎立”呢？这是指当时南通大学（南通学院）的农、医、纺三科。
1912年3月，张詧、张謇创办私立南通医学专门学校，设西医科，学制本科4年，预科1年；同年4月，张謇创办“纺织染传习所”，次年定名为私立南通纺织专门学校。1927年7月，两所专门学校先后更名为私立南通医科大学、私立南通纺织大学。
农大虽说是最后挂牌开课的，但其实是创办最早的。它的前身是通州师范学校于1906年附设的农科。辛亥革命时期，张謇将农科扩建为农业专门学校。1916年，再将甲种农业学校改为农业专门学校，即后来的农科北院。南院大楼则是后来新建的。1919年，农校改称为私立南通农科大学。
1928年8月，私立南通农科大学、私立南通医科大学、私立南通纺织大学三校合并，组建私立南通大学。
1930年11月，国民政府教育部以南通学院为校名立案，仍设农、医、纺三科。虽然以三科合成学院，实际上三科分列，各自为政。
当年的私立南通大学，在全国大名鼎鼎，培养出的优秀人才数不胜数，可惜的是在新中国成立后的全国院系调整中消失了。
如今的南通大学虽然将校史追溯到私立南通大学，但实际上血脉极其淡薄。而当年拆分出去的3所主要高校，如今都过得比南通大学要好。
有专家认为，当年公立技术大学以“交通大学”为代表，私立技术大学则以“南通大学”为代表。这里的“南通大学”就指的是1928年成立的私立南通大学。
能够得到如此评价，显示出了当年私立南通大学的实力雄厚，在当年的民办工科高校中是全国的顶尖水平。如果用现在的说法来评价，当年的私立南通大学就是产生“大国工匠”的学校。
目前以“私立南通大学”为主脉追溯校史的高校，主要有南通大学，扬州大学，东华大学，苏州大学苏州医学院等4所高校或办学实体。而在这所高校发展过程中，南京医科大学和私立南通大学也有一些渊源，浙江大学和私立南通大学也有一些交集。
新中国成立后，南通大学（学院）被拆分的经过是：
1951年纺织科与上海工专、诚孚纺专等专科学校合并，组成华东纺织学院。1952年院系调整时，南通纺织科全科师生及学校所有设备、仪器、图书等，全部迁往上海，并入华东纺织学院。从此，在我国建立最早、培养纺织染专门技术人才达四十年之久的南通纺织科进驻了上海。原有南通校舍，也移交通棉一厂（即大生纱厂）作为职工宿舍之用。
同时，农科亦与江南大学农艺系、苏南文教学院农教系合并，改称苏北农学院，设于扬州。所有设备、仪器、图书等也都迁并了，留有校舍改作医科宿舍之用。1971年起南京农学院迁并至扬州，与苏北农学院合并，改称江苏农学院。1981年由于国家农垦事业的需要，农垦部与江苏省决定对该校实行联合办学。算算时间，南通大学农科自1906年附设于通州师范起，至此已有80多年。它为国家培养了各种专业技术人才，形成一股重要技术力量，作出了较大的贡献。
至于南通学院医科，1952年全国高等学校院系调整，医科于是年11月就南通学院原址改为公立医学院，定名为苏北医学院。1956年更名为南通医学院。
其时纺科迁走了、农科迁走了，本来南通医学院留在南通，也算是为当年的私立南通大学留下了一丝血脉。
1957年7月，南通医学院根据国务院批示迁往苏州，更名为苏州医学院。当时，南通学院医科在南通市区创设已40多年，深合南通人民的需要，为客观上不可缺少的医疗和医学研究单位。突然迁往苏州，南通地方人士颇多意见。经一再向上级部门反映，后省人民政府决定在南通建立苏州医学院南通分部。1958年8月经省政府批准，南通分部改为南通医学院。
而为了弥补南通当年在纺织教育上的辉煌，1977年南通建立了南京工学院南通分院，期间曾经使用过南通纺织专科学校和南通纺织工学院的名义招生，也算是补上了纺织类高等教育的缺憾。学校后更名南通工学院。
2004年，南通医学院、南通师范学院、南通工学院3校合并组建南通大学，重新树立了南通大学的旗帜。但此时的南通大学相关科系跟当年的私立南通大学，其实仅仅是名字恢复而已。
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