整体上来看高中期间有不及格科目对日本留学签证申请影响小到可以忽略，对考取顶尖学部可能产生间接影响，但并不会起决定性因素，大学能不能成功被录取主要还是看EJU成绩和校内考相关。
一、签证申请
语言学校在留、签证申请中成绩方面仅有日语成绩（JLPT N5）需要看，其他材料确保符合要求并真实即可。
核心要求：
12年教育经历（高中毕业证或同等学历证明）；
经济担保能力（如20万人民币存款证明）；
日语能力证明（如JLPT N5或J.TEST F级）；
入学许可书。
高中成绩单仅作为辅助材料提交，用于验证学历真实性。只要成绩单能证明完成12年教育，且无伪造痕迹，个别科目不及格不会直接导致拒签。入国管理局更关注经济能力、语言水平及材料真实性。
二、考学部
普通大学完全不会在意高中时期的成绩，往往通过日本留学考试特定科目成绩+校内考表现来进行学生的筛选，断定合格。
日本留学考试（EJU）：文科 日语+数学1+文综，理科 日语+数学2+理综三选二，私立大学往往更看重某些科目，比如march较比综合、数学更看重日语成绩。
校内考：文科笔试小论文为主，理科笔试数学、化学等基础科目为主。面试主要围绕志望理由书提问。
高中成绩仅作为参考，若留考成绩优秀，校内考表现突出，高中个别科目不及格不会影响录取。
顶尖大学更注重学生全方位的能力，高中成绩不好在同等层次学生竞争中可能会成为缺点。
如东京大学、京都大学等在书面审查阶段可能要求提交高中成绩单，作为评估学习能力和态度的参考。若成绩单显示大面积不及格，可能引发教授对学习能力的质疑，但最终录取仍取决于留考、校内考、英语成绩及面试表现。
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