因国内环境的影响很多中国留学生会认为私立大学远不如国公立大学，但实际上日本国公立大学与私立大学各有优点，私立大学不见得就比国公立大学差。
一、国公立大学（科研向）
国公立大学占据日本科研核心地位，超过半数诺贝尔奖得主出自此类院校。其经费由政府全额或部分支持，实验室设备、国际合作项目及学术交流机会远超私立大学。国公立大学学费统一，且奖学金种类多、申请门槛低。
但是，国公立大学录取门槛相对较高，顶尖院校录取率常低于10%，要求日语N1、英语托福90+、研究计划书与教授研究方向高度匹配，且笔试面试难度属日本最高。地方国立大学录取率约20-40%，适合学术能力突出但未达顶尖水平的学生。
二、私立大学（就职向）
私立大学以就业率为核心指标，课程设置更贴近市场需求，提供丰富的就业活动，且私立大学在就业方面资源极多，如早稻田大学校友覆盖日本政商界，庆应义塾大学MBA项目与三菱、索尼等企业合作紧密。
私立大学录取标准更侧重核心科目，对语言成绩要求相对宽松，如上智、march等专业可以无需提交英语。
私立大学学费较高，但顶尖院校毕业生起薪普遍高于地方国立大学，学生毕业往往选择直接就职。
三、专业与地域选择
理科生优先国公立
国公立大学理工科经费充足，实验设备先进，能为理科生提供丰富的实验经历。
地方国立大学因产业需求，对有实习或工作经验的学生更友好，录取率相对较高。
文科生按需选择
若计划回国就业，优先选择国公立大学，其国际排名和国内认可度更高。
若计划留日就业，私立顶尖大学地理位置优越（东京、大阪），便于参加企业招聘会，且校友资源丰富。
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